88风灾造成曾文水库淤积严重，目前淤积量约26886万立方公尺，约占底库容量一半，为延长水库寿命，南区水资源局连年清淤，目前与台南市政府携手办理去化曾文水库清淤土方，5月至今已协助土方去化约4万5千立
